O dicionário Aurélio, rico em expressões, não traz essa. O verbete "cheque" fala em cheque borrachudo, ou seja, com insuficiência de fundos. Se fundos (plural) tem o sentido de dinheiro, lastro, capital, então o certo seria "cheque sem fundos", mas nos jornais brasileiros é comum encontrar "cheque sem fundo". O Manual de Redação de O Estado de São Paulo, por exemplo, é omisso, não traz nenhum orientação.

Pesquisei este "site", também não encontrei em seu arquivo resposta para a minha dúvida. Gostaria de receber seu parecer.