«Que alterações é que vai haver?» é a frase correcta. O verbo haver no sentido de existir não tem sujeito («alterações» é o complemento directo) e, portanto, só se conjuga na 3.ª pessoa do singular: «há alterações», «houve alterações», «haverá alterações»... Se o verbo for conjugado com um auxiliar – no caso, o verbo ir («vai haver»), que confere ao verbo haver a ideia de futuro –, mantém-se a regra do uso da 3.ª pessoa do singular, pois não se trata da acção de ir mas da de haver.