A razão é fonética: m, p e b são consoantes bilabiais, quanto ao ponto ou zona de articulação. Quando se pronuncia a primeira sílaba da palavra embora, por exemplo, a consoante m nasala o e e prolonga-se até à articulação do b, havendo como que um instante de fusão entre as duas. Mas se reparar no modo como pronuncia dente, verificará que o ponto de articulação do n está próximo do ponto de articulação do t.
Com base na "física" das palavras, a Ortografia convencionou o uso da nasal m antes de p e b, e da nasal n antes de outras consoantes.