Penso que tem razão quando diz que o uso do plural «umas águas» reforça a indeterminação, a indefinição do tipo e da marca de água que se pede. Não creio, no entanto, que esta indeterminação seja usada por cortesia, mas apenas para significar «uma água qualquer».
Não lhe sei dizer a razão desta expressão que, de facto, só se ouve no norte de Portugal, mas não me parece que nela exista erro. Diria que a língua tem recursos surpreendentes na procura da expressividade da comunicação.