Entre as várias acepções do substantivo feminino toma, temos «Porção de remédios ou medicamentos que são ministrados de cada vez» (in Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa). Por sua vez, tomada é «acção de tomar».

Também o Dicionário Eletrônico Houaiss regista toma com o sentido de «porção de medicamento que se toma de cada vez», além de interjeição que «1 exprime satisfação ou se usa como congratulação; 2 exprime troça ou surpresa; 3 exprime indignação, sendo proferida quando se aplica um castigo merecido». Enquanto isso, tomada aparece, neste dicionário, com 9 acepções, mas nenhuma com o sentido de «porção de medicamentos».
Assim, provavelmente consagrado pelo uso, nesta situação é o termo toma que prevalece.