Sub-bacia
Não encontrei referência ao termo na bibliografia que possuo. Nem no completo Vocabulário da Academia Brasileira de Letras (350 000 verbetes).
O novo AO indica que, nas palavras compostas hifenizadas, quando o primeiro elemento termina na mesma vogal em que começa o segundo, é obrigatório o hífen (ex.: micro-onda, embora haja quem hoje grafe microonda). Neste espírito, extensivo às consoantes, penso que no novo AO se grafará sub-bacia (pois não me parece que sejam admissíveis as grafias *subbacia, nem *subacia).
A norma actual, Base XXIX, regista sub-bibliotecário, grafia que vem proposta também no dicionário da Porto Editora, 2009, já adaptado ao novo AO. A decisão da editora confirma este meu raciocínio para sub-bacia.
Sub-reino
O portal MorDebe[1] indica que no novo AO se passa a escrever subreino. Ora esta recomendação contraria o espírito implícito nas recomendações do novo AO. Houve a preocupação de, na nova norma, não ir contra a ortoépia/ortoepia das palavras (ex.: pan-africano, e não ¦pana¦; mal-estar, e não ¦male¦; hiper-requintado, e não ¦perrequin¦).
É verdade que o som velar [R] de um r simples pode ocorrer no interior das palavras quando inicial de sílaba, depois de consoante (ex.: pilriteiro, desrespeito); mas em *subreino, embora “sub” e “re” pertençam a sílabas diferentes, b tende a formar com r (como com l) grupo indivisível, o que pode conduzir a que na leitura se converta o r em alveolar [r], como em breia, breca, brevete, etc., o que contraria o espírito do novo AO acima indicado. Foi também por causa dum risco semelhante (retorna da grafia sobre a fonia em *bemaventurado ¦bema¦) que o inovador, mas imponderado neste aspecto, projecto de 1986 foi chumbado pela comunidade linguística culta portuguesa. Por isso o extremo cuidado agora no novo AO.
Assim, penso que no novo AO continuará a ser sub-reino e não *subreino. Esta minha posição é também confirmada no dicionário da Porto Editora, 2009, adaptado ao novo AO.
A propósito desta última questão, ocorrem-me duas considerações:
Primeiro, não é porque *subreino aparece assim registado num dicionário que isto dispensa o Ministério do Ensino Superior, responsável pelo portal acima indicado, de ser profundamente cuidadoso com as propostas que faz. Na dúvida, deve deixar a dúvida.
Segundo, não é desprimoroso ter dúvidas sobre termos que não venham taxativamente registados no novo AO ou que não se depreendam logicamente das suas bases. Nesta altura, devia já haver em Portugal um trabalho (reconhecidamente idóneo pela comunidade culta, nomeadamente pela Academia e linguistas respeitáveis) para um Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa (VOLP) semelhante ao que o Brasil tem em curso, que se anuncia completo, de elevado nível linguístico, pronto no princípio de 2009.
Este VOLP português é mesmo indispensável para se estabelecer o Vocabulário Comum para o universo da língua, segundo o prescreve o Preâmbulo do acordo de 1990. Caso contrário, será o VOLP brasileiro (versão com as entradas preferenciais brasileiras) a orientação para toda a lusofonia. Isto aumentaria a grande admiração que tenho pela forma como o Brasil ama a minha língua, mas deixar-me-ia uma profunda tristeza por termos sido assim subalternizados, depois de os nossos corajosos ancestrais a terem espalhado pelo mundo e até feito dela língua franca.
Diferenças neste texto para o novo acordo
Termos para Portugal: sem alteração
Para o Brasil: linguística/o, linguistas
[1] N. E. (19/4/2017) – Deve escrever-se sub-reino, tal como se regista no Vocabulário Ortográfico do Português (VOP) do Portal da Língua Portuguesa e nos outros vocabulários ortográficos que apareceram desde 2009. O portal MorDebe a que se refere o autor da resposta já não está ativo, tendo sido sucedido pelo VOP.