A sua pergunta é bastante vaga. Quer saber como há-de empregar as palavras de acordo com o seu sentido, ou pretende conhecer o motivo por que elas têm certo significado e não outro?

Julgo que se tratará do primeiro caso, já que o segundo, pelo menos na sua origem, é aleatório.

De facto, tanto a falar como a escrever, deve-se procurar propriedade, no sentido de os termos usados serem os mais adequados (se os vacábulos possuírem vários). Para isso é preciso ler muito e «não ter medo» de pegar nos dicionários, que lhe esclarecerão os significados. Também obras de semântica (ciência que estuda precisamente o sentido das palavras) dão grande contributo, desde o célebre livro de M. Bréal (Essai de Sémantique) a outros mais pequenos, como La Sémantique de Pierre Guiraud (colecção Que sais-je? ). Igualmente a Estilística da Língua Portuguesa do grande mestre que foi Manuel Rodrigues Lapa lhe prestará notável auxílio.