Compreende-se que safira seja substantivo feminino, visto que provém do latim «sapphiru(m)». Passo a transcrever o que ensina o «Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa» do Dr. José Pedro Machado:

«Safira, s. Este voc. está por safiro, tornado f. por concordância com pedra, como se verifica, por exemplo, no passo adiante transcrito.

Realmente a etimologia impõe safiro: do gr. «sáppheiros», pelo lat. tardio «sapphiru-», mesmo sentido. Séc. XIV: «... e virom Deus e so os pees dele estava huã obra asy come de pedra çafira», nos Inéd. Alc., II, p. 123».

Esmeralda provém do grego «smáragdos», esmeralda, pelo latim «smaragdu(m)», do género masculino e feminino. Fixou-se o género feminino, provavelmente porque a esmeralda é uma pedra (fem.) - pedra preciosa.