Qualquer dos termos é compreendido por portugueses e brasileiros.

Em Portugal escolher-se-ia o termo saco, vocábulo abrangente que designa qualquer receptáculo de papel, pano, material plástico, etc., com uma abertura em cima e fechado em baixo e dos lados. As palavras sacola e bolsa têm significados mais restritos, mais específicos. Sacola, em contexto escolar, designa uma espécie de saco com alça que se transporta normalmente pendurado num dos ombros, a tiracolo; bolsa significa uma carteira onde se guarda dinheiro («a bolsa ou a vida!»), ou uma carteira de pano ou material maleável, usada por senhoras, normalmente de pequeno tamanho.
No Brasil, o termo saco não se usa neste contexto escolar, bolsa tem o significado de carteira de mulher, e a palavra mais adequada é sacola.

Assim, se pretende um termo comum, a escolha poderá recair no vocábulo sacola, que é o adequado no Brasil e também se pode usar em Portugal nesse contexto.