Como se trata de uma expressão descontextualizada, pode acontecer que haja alguma situação que eu não esteja a prever e que, portanto, a resposta não vá ao encontro da dúvida do consulente.
Na escrita, nenhuma das frases seria aceitável. Deveria escrever: «Sabes porque é que isso acontece?»
Qualquer das frases pertence ao domínio da oralidade. Mas, mesmo no discurso oral, apenas é aceitável a segunda frase.
A primeira frase está mal construída, pois o sujeito da oração integrante («isso») foi colocado fora da oração, ligado ao predicado da oração principal («sabes»). A pessoa quer perguntar se a outra sabe o motivo, a razão pela qual qualquer facto existe ou acontece, mas, com a frase assim construída, está, sim, a perguntar-lhe se ela sabe «isso», se ela conhece o facto em si.
Quanto à segunda frase, é usual na oralidade a utilização daquela forma verbal «é» no sentido de existe, acontece, pelo que pode construir-se a frase dessa forma. Mas trata-se de um discurso pouco cuidado.