O Dicionário da Língua Portuguesa Novo Aurélio Século XXI, bem como o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa, ambos dicionários brasileiros, definem rerratificar e rerratificação como termos jurídicos, significando o primeiro «proceder à rerratificação de (certidão, contrato, etc.)», e o segundo a acção de rectificar em parte uma certidão, contrato, etc. e ratificar os demais termos não alterados. Assim, não me parece haver qualquer confusão a respeito do significado destas palavras e da sua formação. Aliás, tratando-se de termos específicos de uma determinada área de actividade ou saber, aos especialistas e utentes caberá a sua utilização e divulgação do significado. A substituição por um termo ou expressão equivalente pode sempre ocorrer, merecendo apenas o reparo de que a economia na utilização da língua leva normalmente à preferência por uma palavra em vez de uma expressão mais longa.
Finalmente, poderá dizer-se que o prefixo re- tem diversas acepções (e não apenas a de repetição), e que há muitas palavras começadas por re já assim formadas no latim, sem que essa parte da palavra tenha o sentido de repetição, pelo que também não me parece que as pessoas associem de imediato esse começo da palavra ao prefixo re- e seus significados.