Se bem entendi, esse cabeçalho tem duas partes, uma respeitante a um tipo de conselho, o "Conselho de Centro", e outra respeitante a uma entidade ou departamento, o "Centro de Ciências Exatas" (grafia do Brasil).
Se existem nessa Universidade conselhos com várias denominações ("de Centro" e outras) e se a omissão da palavra "Centro" poderá levar a confusão porque o "Centro de Ciências Exatas" tem outro ou outros conselhos além do de centro, então deverá utilizar o cabeçalho como o apresentou.
O pleonasmo consiste, como bem referiu, numa repetição, numa redundância. No entanto, segundo a explicação que deu, fiquei com a noção de que a palavra "Centro" respeitante a "Centro de Ciências..." teria um significado diferente do da palavra "Centro" de "Conselho de Centro". Assim, não há pleonasmo.
