Em princípio não se deve utilizar hífen em palavras começadas por estes elementos (e outros): mini-, maxi-, micro-, macro-.
Assim, minissaia, minissubmarino, maxissaia, microempresa, microrregião, microssistema, macroeconomia, macrorregião... Isto é verdade sobretudo para a norma ortográfica brasileira.
Quando a unidade seguinte começa por h, alguns autores, contudo, sugerem também a utilização de hífen: por exemplo, o dicionário Aurélio apresenta micro-hábitat e o Houaiss micro-habitat.
Em Portugal, justificados pelo uso, também se aceitam outros casos, o mais usual dos quais é mini-saia. O dicionário da Porto Editora inclui, por exemplo, mini-saia, mini-série a par de minissérie, microssegundo, microssismo, microssismógrafo, microssociologia, macrossismo.
O dicionário da Academia das Ciências de Lisboa apresenta macroeconómico, maxissaia, microeconómico, microelectrónica, microinformática, microrganismo, microrradiografia, microssociologia, microsubmarino (sic), minissaia, mini-submarino.
Também em Portugal, o Livro de Estilo do Público (um jornal) diz que as palavras formadas a partir de maxi e mini nunca levam hífen, exceptuando/excetuando a palavra mini-saia, que porém também pode ser grafada minissaia. O mesmo documento propõe que com macro se escreva hífen só antes de h (e não obrigatoriamente) e com micro antes de h.
O que se pode verificar é que existe alguma flutuação em Portugal, mas em princípio o não uso do hífen com estes elementos de formação de palavras é mesmo assim mais frequente.
No Brasil o não uso do hífen nestas palavras parece ser largamente preferido.
N.E. [29/10/2016] – Escreve-se minissaia, sem hífen, conforme as novas regras nesta matéria, com a entrada em vigor do Acordo Ortográfico de 1990, cujos critérios se encontram fixados nas respetivas Bases XV, XVI e XVII. Cf., ainda: Guia para a Nova Ortografia + Acordo Ortográfico: o que muda? E, ainda, a exposição do gramático brasileiro Sérgio Nogueira em registo de vídeo, aqui.