Microbiologista é o mesmo que microbiólogo.

As línguas são avessas à existência de sinónimos perfeitos, como neste caso.

Tais sinónimos, além de desnecesários, podem criar confusão. Como são duas formas igualmente correctas, seria conveniente que os especialistas das matérias em que tais palavras se empregam, escolhessem uma delas.