Segundo o Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa de José Pedro Machado, o apelido Marques é «Patronímico de Marco. Frequente já em textos antigos». Patronímico significa «relativo ao nome dos pais; que derivou do nome dos pais e que é comum a todos os descendentes de uma pessoa». Por sua vez, Marco vem «do antropónimo latino ‘Marcu-’».
O livro Nomes Próprios de Ana Belo informa ainda que Marcos (para onde nos remete a entrada Marco) «vem do nome latino ‘Marcus’ que é proveniente do grego ‘martikos’ (consagrado ao deus Marte).»