Ambas as formas são correntes. O dicionário brasileiro Aurélio regista as duas, mas parece preferir a terminação em a. O dicionário Porto Editora só tem maqueta.

Maqueta significa: esboço em escala de redução; miniatura de obra de arte plástica, geralmente de barro, gesso ou cera. Vem do italiano macchietta, pelo francês maquette.

N. E. (25/05/2014) – O Dicionário da Língua Portuguesa da Porto Editora (em linha na Infopédia) passou a acolher as duas formas, maquete e maqueta, muito embora a entrada desta remeta para o verbete daquela, o que sugere que maquete é apresentada como forma preferencial. O Dicionário Priberam da Língua Portuguesa também regista as duas variantes, mas remete maquete para maqueta, assim indiciando que esta é a forma recomendada. Em suma, em Portugal, aceitam-se as duas variantes.