Manuel. É esta a grafia correcta em Portugal, e não "Manoel", porque vem de Emanuel (com aférese do e), e este do latim Emmanuele(m) , de origem hebraica. Em hebraico significa "Deus está connosco".

Obs.- Em "Manuel/Manoel" não há uma questão de prosódia, mas de grafia. No Brasil, usam-se as duas formas.