Depende da acepção. Se entendermos a palavra como o nome próprio de uma «jurisdição de águas territoriais» (como em Capitania do Porto de Lisboa, por exemplo), ela merece maiúscula inicial. Se, porém, como parece que é o caso, nos referirmos à «designação das primeiras divisões administrativas do Brasil», aí já deve ir em minúscula, tal como se faria com «estado de Minas Gerais» ou com «cidade de Belo Horizonte».