Tinha limpado é correcto, embora haja a tendência de se pôr limpo, tal como sucede com o auxiliar estar com que é de obrigação usar-se. É um caso análogo ao de matado: Aquele bandido tem matado muitas pessoas, mas esse homem está morto (ambos os particípios passados pertencem ao verbo matar, mas morto também o é do verbo morrer, além de morrido).