Ambas estas sintaxes estão correctas. A escolha da preposição depende do significado do verbo implicar:

a) Significando envolver, comprometer, emprega-se a preposição em:

Soubemos que ele estava implicado nesse crime/na toxicodependência, etc.

b) Significando ser incompatível, não harmonizar, empregamos a preposição com:

Não gosto dessa música, implica-me com os nervos.

Essa decisão implica com a toxicodependência.

O «Ciberdúvidas» está muito contente por haver alunos que se interessam pela nossa língua. Sem conhecermos bem a Língua Portuguesa, não podemos adquirir determinados conhecimentos e aprofundá-los.

O «Ciberdúvidas» está sempre ao vosso dispor.