Hipocrisia deriva da palavra grega 'hypokrisia' (havia também a variante 'hypókrisis'), que significava «resposta; resposta de oráculo; acto de desempenhar um papel, de interpretar uma peça; fingimento, hipocrisia, ar enganador». E também do latim 'hypocrisis', «mímica, imitação da maneira de falar e dos gestos de alguém; hipocrisia».
José Pedro Machado, de cujo Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa respigámos estes dados, regista a que se julga ser a mais antiga abonação na nossa língua (supostamente do séc. XIV), ainda na forma do português antigo, ypocresia: «... sabede que ypocresia he demonstrar home boa cristaidade e no naver.»
A evolução para a forma actual parece óbvia: hypokrisia > hypócrisia (ou como vem em cima, ypocresia) > hipocrisia.