Diga-se, pois:
«Quando vim para cá, já o conhecia havia anos».
Temos de respeitar a correlação ou correspondência dos tempos.
Facilmente verificamos se a frase fica certa ou não, substituindo o verbo haver pelo verbo fazer, que também se usa em frases do tipo desta. São frequentes frases como esta: «Faz cinco anos que ele se casou». Vamos então substituir:
1) Quando vim para cá, já o conhecia fazia anos.
2) Quando vim para cá, já o conhecia "faz" anos.
A frase 2) ensina-nos que a correcção está na frase 1).