Bom, de acordo com o Dicionário Houaiss, a palavra formação tem mais de uma dezena de acepções (12, para ser mais preciso)! Pelo contexto que consigo adivinhar da sua pergunta, inclino-me para o «conjunto dos cursos concluídos e graus obtidos por uma pessoa (1)» ou «conjunto de conhecimentos e habilidades específicos de um determinado campo de actividade prática ou intelectual (2)». Assim, em «formação de docentes», duas coisas se podem entender:

1 – Acção de formar pessoas no sentido de estas virem a tornar-se docentes.
2 – Sujeição de pessoas que já são docentes a acções de formação, no sentido de ganharem novas habilitações.

Esta segunda hipótese aproxima-se mais da ideia de «capacitação de docentes». Aqui, já temos os docentes, e a acção pretende dotá-los de mais capacidades, aptidões e habilitações, torná-los ainda mais capazes do que a sua formação de docentes faria supor.
Nisto, em meu entender, residirá a diferença entre formação e capacitação de docentes.