Não encontrei a palavra atestada em lado nenhum, talvez por a acção de exceptuar já se encontrar na palavra excepção, mas a formação correcta será a que contempla o adjectivo que lhe está na génese (excepcional) + o sufixo -ção, que exprime a ideia de acção ou resultado de acção, ou seja, excepcionalização, à semelhança de regionalização, actualização, etc.