Esta expressão significa com intervalos de dois dias, à semelhança de de dois em dois meses, com intervalo de dois meses; de dois em dois anos, de quinze em quinze dias, etc.
De dois em dois dias pode ser ou não ser o mesmo que dia sim, dia não. Suponhamos que o João vai a casa do primo dia sim, dia não, às 21 h. É evidente que o intervalo é de dois dias. Mas suponhamos que, no dia 1, vai a casa do primo à 1 h; e no dia três, vai às 23 horas. É evidente que, neste caso, o intervalo não é de dois dias, mas quase de três. Faltam apenas 2 h para ser de 3 dias. Mas, em casos como este, geralmente não se diz “de dois em dois dias”.