Como pode verificar na edição electrónica do dicionário Porto Editora (Ligações, 1.ª pág. do Ciberdúvidas), ambas as formas estão registadas:
"consílio – assembleia; reunião; conselho.

(Do lat. consilîu-, «lugar onde se delibera»).

Cf. concílio."
"concílio – reunião de autoridades da Igreja, convocada ou autorizada pelo Papa, com o fim de tratar de assuntos relativos à fé, à moral e à disciplina;
pl.
decretos e cânones votados nos concílios;
~ ecuménico, plenário, nacional, provincial ou diocesano:
segundo a extensão da convocatória, concílio que pode abranger toda a Igreja ou apenas uma parte.
(Do lat. concilîu-, «convocação»)
Cf. consílio."

No entanto, o Dicionário Aurélio considera o termo consílio desusado; e na expressão que refere, de acordo com o dicionário da Porto Editora, é concílio dos deuses.