a) São poucas as palavras que subsistiram na língua a partir do século XVI com terminação em -om, como é o caso de com, bom, dom, som, tom. É perfeitamente correcto aquilo que leu.
b) É perfeitamente legítimo grafar e pronunciar o /-õ/ destes estrangeirismos como -om, pois seguiram a regra ortográfica que diz que o -õ nasal final tónico deve ser escrito -om, como em: batom, crepom, edredom/edredão, garçom/garção, maçom/mação, pompom. O mesmo acontece em casos de derivação dos vocábulos terminados em -om, como por exemplo infra-som e em casos de formas onomatopaicas como ronrom.
c) Existem duas grafias no português para “/próton/”, palavra de origem grega: protão e protón. O plural de protão (PE) é protões e o de próton (PB) é prótones, segundo o Dicionário Houaiss. Este dicionário parece concordar em relação ao facto de a forma de plural com -e- ser a menos errada, visto que atesta tanto prótones como prótons, mas põe aquela em primeiro lugar. Os restantes casos mencionados seguem esta regra (com excepção do nome elétron):
Os plurais de neutrão (PE) / nêutron (PB) são neutrões / nêutrones; de ião (PE) / íon (PB) - iões/íones; de mesão (PE) / méson (PB) - mesões/mésones.
De acordo com o Dicionário Houaiss, o que se passa com elétron é que a forma de plural consagrada pelo uso é eletróns, sendo um facto que ninguém escreve elétrones.