Reparemos na frase apresentada:

a) O Pedro comeu a maçã antes de lhe ter tirado a casca.

Esta frase não tem lógica, porque só a podemos interpretar assim:

O Pedro, primeiro comeu a maçã, e só depois lhe tirou a casca. Suponhamos outra, mas esta com lógica:

b) O Pedro comeu a maçã antes de ter tomado o remédio.

A outra frase será:

c) O Pedro comeu a maçã antes de tomar o remédio.O elemento ter tomado é o infinito perfeito pessoal do verbo tomar. Indica uma acção passada anterior a outra também passada.

d) Ele morreu por ter ingerido veneno.

Na frase (b), temos dois elementos que indicam anterioridade da acção: ter tomado e antes. A frase assim não é clara. Portanto, a mais correcta é a frase c).