Não se sabe. José Pedro Machado (in Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, ed. Livros Horizonte, Lisboa) apenas refere o registo do topónimo homónimo, muito comum em várias regiões de Portugal, desde 1140-1141 na forma, primeiro, de Magallanes ou Magalanes, depois, Magalianes e, finalmente, Magalhães.