É como foi escrito. Façamos o seguinte exercício: dividamos «as dúvidas» em dois possíveis tipos
1) as dúvidas mais vezes suscitadas;
2) as dúvidas menos vezes suscitadas.
Posto isto, perante uma dúvida concreta, podemos incluí-la numa das duas categorias:
«Esta é uma das dúvidas mais vezes suscitadas.»
«Não fui confrontado com nenhuma das dúvidas mais vezes suscitadas.»
«Uma das dúvidas...» – Quais dúvidas? – «(que são) mais vezes suscitadas...»

O pedacinho «mais-vezes-suscitadas» funciona como um adjectivo. Experimentemos substituí-lo por um verdadeiro adjectivo, por exemplo: frequente. Verá que o leva para o plural:
«Esta é uma das dúvidas mais frequentes.»
A singularidade da dúvida – pelo facto de ser uma – nota-se, sim, na função de sujeito:
«Uma das dúvidas mais vezes suscitadas é a da concordância entre sujeito e predicado.»
«Uma das dúvidas mais frequentes é esta.»
Se trocarmos a sua ordem, talvez se perceba melhor:
«Das dúvidas mais vezes suscitadas, uma é esta.»
O adjectivo «suscitadas» (no plural) aplica-se a «dúvidas» (que está também no plural), não diz respeito a «uma» (singular).

Há gramáticos que consideram igualmente correcta a forma no singular. Permito-me discordar dessas teorias muito permissivas da concordância pelo sentido, ou pela ênfase. São as mesmas que consideram correctas estruturas como «a gente vamos»…