Estas frases estão correctas sob o ponto de vista estritamente gramatical. O único problema é que não definem o momento em que surgiu ou poderá surgir a epidemia.
Ambas as frases contêm a ideia de situação hipotética porque dizem: «é muito provável» e «seria muito provável».
Na frase 1, o presente do modo indicativo, ou informativo, dá-lhe um tom de maior probabilidade, enquanto, na frase 2, o condicional reforça o aspecto hipotético.

a) Como a frase 1 contém o verbo ser, no presente do modo indicativo, poderemos estar em uma de três situações: ou no momento actual, ou no futuro próximo ou perante um acontecimento habitual, visto que o presente do indicativo é uma forma do imperfeito e, por isso, corresponde a um tempo não terminado.
Exemplos de diferentes utilizações do presente do modo indicativo:
1 – Neste momento, eu falo contigo.
2 – Daqui a um momento, eu falo contigo.
3 – Eles dizem que eu falo contigo constantemente.

b) O verbo ser apresenta-se no condicional simples e, como também é denominado futuro do pretérito, corresponde a um tempo do passado posterior ao pretérito perfeito simples indicado pela forma verbal «alertaram».
Como o condicional presente ou simples também é forma do imperfeito, não marca limite de tempo para a frente. Por isso, pode chegar ao presente e até ultrapassá-lo.

c) Não obstante a riqueza das formas verbais da língua portuguesa, parece-nos que poderão ser adicionados advérbios ou locuções adverbiais para que o tempo fique mais bem definido, no caso de essa circunstância ser relevante.

d) Se a questão se põe apenas quanto à escolha entre as frases propostas, parece-nos que a primeira, por estar no presente do modo indicativo, é a mais clara das duas.