«A GNR explica por que é que não apareceu.»*
Este é mais um dos caso de má utilização do advérbio interrogativo porque, numa oração interrogativa indirecta.
«Porque é que a GNR não apareceu?» seria a interrogativa directa.
De resto, a expressão «porque é que» é sempre constituída pelo advérbio interrogativo (porque) e pela partícula de realce («é que»).
* in matutino 24 Horas de 3 de Junho de 2007