No uso corrente da língua, ambos os termos referem o mesmo. Nos domínios do direito e do comércio eles podem, no entanto, referir coisas diferentes. O dicionário Aurélio, o dicionário Houaiss e o dicionário da Academia apresentam as definições especializadas, por ordem respectiva/respetiva:
a) filial:
– «Sociedade comercial que, embora sob a administração e direção capitalística de outra, mantém sua personalidade jurídica e seu patrimônio, preservando sua autonomia perante a lei e o público, razão pela qual não se confunde com sucursal ou agência.»;
– «diz-se de ou grupo comercial que, embora vinculado à administração e gestão de uma matriz, possui representação e autonomia para praticar atos com validade jurídica, diferenciando-se de sucursal ou agência»;
– «Sociedade comercial, juridicamente independente, com autonomia de gestão, mas que é dependente ou está sob a direcção de outra, pelo facto de esta possuir uma parte maioritária do seu capital.».
b) sucursal:
– «Estabelecimento comercial acessório e distinto de outro, que é o principal, de cujos negócios trata e a cuja administração se liga, sem, no entanto, constituir filial ou agência desse outro.»;
– «diz-se de ou estabelecimento comercial que trata dos negócios de outro, a cuja administração está ligado, sem todavia constituir agência ou filial do mesmo»;
– «Cada um dos estabelecimentos de uma casa comercial ou bancária que se encontram espalhados pelo país ou no estrangeiro, cuja gestão se faz sob a orientação do organismo central de que depende.».
Espero que isto ajude.