Trata-se duma expressão técnica que não traz mal à língua.
Repare que quando dizemos, por exemplo, `três por cento de´, estamos a centralizar-nos na grandeza da qual se considera essa percentagem. Ao passo que quando dizemos três pontos percentuais nos estamos a centralizar num valor que é uma percentagem. E é a variação `em percentagem´ que pode ser significativa numa comparação (por exemplo, na frase: `o índice caiu três pontos percentuais´, não estamos a pensar em pontos que sejam do índice, mas numa variação em percentagem entre duas situações).
Ao seu dispor,