São correctas as duas maneiras de dizer. Cada um dos falantes escolhe uma ou outra forma conforme lhe parecer melhor, pois que ambas as locuções significam, geralmente, em posição vertical, erecto, firme, levantado. São, pois, locuções sinónimas. Há, porém, algumas diferençazitas:

1. Geralmente dizemos de pé, quando aludimos à posição contrária à de sentado ou deitado. Algumas frases:
   1. O meu professor dá as aulas sempre de pé.
   2. Põe-te lá de pé e ouve-me.
   3. Estou de pé desde as seis horas da manhã.
   4. Ficou de pé o dia inteiro para atender as pessoas.
         Reparemos nesta frase muito corrente:
   5. As árvores morrem de pé.
2. Geralmente dizemos em pé, quando nos referimos à posição de erecto, firme, levantado, sem pretendermos contrapô-la à de sentado ou deitado. Algumas frases:
   1. O João é aquele que está ali em pé, mesmo à esquina da rua.
   2. Vou até ao restaurante de comer em pé.
   3. Ele farta-se de trabalhar. Anda sempre em pé.

Quanto a funcionário, geralmente dizemos que ele está sempre em pé no seu trabalho – sempre em pé para atender as pessoas – e não sempre de pé. Sendo assim, parece que devemos preferir: o funcionário trabalha em pé. Lembra aquele boneco que todos nós conhecemos, o chamado sempre-em-pé.
   Como já dissemos, estamos em presença de expressões sinónimas. Por isso cada um de nós empregará aquela que sentir que fica melhor.