Quando se diz «Acredito que ele tenha ido embora», não há uma certeza. Trata-se mais de uma crença ou, até, de um desejo. Depende da situação em que se encontram os interlocutores e da entoação e/ou da veemência com que se faz a afirmação. Muitas vezes, perante uma frase destas, há quem diga: «Acredita, mas não tem a certeza, pois não?».
Na outra questão, também há uma diferença entre «certeza» e «por certo». «Tenho (a) certeza...» é mais afirmativa do que «Tenho por certo...». A convicção da pessoa que diz «Tenho por certo...» não é total; admite, até, uma ligeira dose de incerteza.